All'inizio della sua attività la FEF pubblicava gli atti dei suoi convegni e alcuni studi di medievistica in una collana presso il CISAM (Quaderni di cultura mediolatina). Con l'ampliarsi delle attività di ricerca e delle collaborazioni nazionali e internazionali, la FEF ha promosso numerose collane di testi e studi, per ciascuno dei suoi settori di studio. Le collane principali sono curate da direttori e comitati scientifici di livello internazionale.