Nella sua storia la FEF ha privilegiato alcuni settori della cultura testuale dell'Europa medievale: in particolare la letteratura latina e quella italiana e romanza, soprattutto in una prospettiva filologica; la letteratura mistica e mariologica; le espressioni musicali e il rapporto fra testo e musica. A questi settori si aggiungono un forte interesse per le digital humanities applicate agli studi medievistici, e un'attenzione speciale per la storia degli studi medievali, a partire dagli intellettuali di cui la FEF conserva i libri e le carte.

Nelle pagine dedicate a ogni settore sono indicate le principali attività di ricerca promosse dalla FEF.