Sin dall’inizio la FEF ha operato in stretta collaborazione con la SISMEL, con la quale condivide la sede in via Montebello. La sinergia con la SISMEL, in un rapporto di reciproca autonomia amministrativa e complementarietà operativa, investe le attività di segreteria, la biblioteca, la formazione, nonché l'attività editoriale, per la quale sussiste una specifica convenzione con le Edizioni del Galluzzo.

Nel corso degli anni la FEF ha inoltre stipulato convenzioni e accordi di collaborazione con numerosi enti pubblici e privati, italiani e stranieri, in una rete di condivisione progettuale e scientifica. Questi i partner principali, per accordi di programma o per singole iniziative.