La FEF promuove il dottorato di ricerca nei suoi due settori principali di attività scientifica.

Per la Filologia mediolatina, la FEF insieme alla SISMEL ha istituito nel 2000 il Corso di perfezionamento postuniversitario in filologia e letteratura latina medievale, il cui diploma è equipollente al dottorato di ricerca.

Per la Filologia romanza, la FEF è stata convenzionata fino al 2022 con l’Università di Siena, che dal 2001 aveva istituito la Scuola di Dottorato europea in Filologia romanza, poi nel 2011 confluita nel Dottorato internazionale in Filologia e critica (curriculum di Filologia romanza). Dal 2023 la FEF partecipa al Dottorato in Filologia romanza e italiana digitale (FROID), con sede amministrativa a Pisa presso la Scuola Normale Superiore.