La FEF promuove il dottorato di ricerca nei suoi due settori principali di attività scientifica.

Per la Filologia mediolatina, la FEF ha istituito nel 2000 il Corso di perfezionamento postuniversitario in filologia e letteratura latina medievale, il cui diploma è equipollente al dottorato di ricerca.

Per la Filologia romanza, la FEF è convenzionata con l'Università di Siena, che dal 2001 ha istituito la Scuola di Dottorato europea in Filologia romanza, dal 2011 confluita nel Dottorato internazionale in Filologia e critica (curriculum di Filologia romanza). Nel 2016 la FEF ha partecipato al network che ha presentato il Dottorato in Filologia e critica come Progetto Pegaso alla Regione Toscana (Università di Siena, Università di Pisa, Università per Stranieri di Siena, Istituto CNR Opera del Vocabolario Italiano di Firenze).