Il primo nucleo della Biblioteca di Cultura Medievale risale al 1987, con la donazione della biblioteca e dell'archivio dello studioso trentino Ezio Franceschini (1906-1983), titolare (1939) della prima cattedra italiana di Storia della letteratura latina medievale presso l’Università Cattolica del Sacro Cuore.
Negli anni successivi il patrimonio della Biblioteca è stato arricchito in modo cospicuo ed organico da lasciti e donazioni dei libri e delle carte di numerosi esponenti del mondo accademico e culturale.
Per quanto riguarda la FEF assume particolare rilievo l'acquisizione della biblioteca di Gianfranco Contini (1912-1990), filologo romanzo e critico letterario, insigne studioso di letteratura italiana, personalità eminente della cultura italiana ed europea del Novecento.
Altri fondi, in ordine di acquisizione: Lorenzo Minio Paluello (1907-1986) noto, in particolare, per i suoi studi sull'aristotelismo latino e la prima Scolastica; mons. José Ruysschaert (1914-1993), vice-prefetto della Biblioteca Apostolica Vaticana, bibliologo, studioso di storia delle biblioteche e della fortuna dei classici nel Medioevo; Bruno Nardi (1884-1968), illustre dantista e storico della cultura medievale; Carmelo Cappuccio (1901-1993), storico della letteratura italiana; Vittorio Ragazzini (1887-1962), studioso di lettere classiche; Aldo Rossi (1934-1999), critico letterario e docente universitario, fondatore di «Poliorama»; Tullio Gregory, già professore di Storia della filosofia all’Università di Roma “La Sapienza”, accademico dei Lincei e fondatore del "Lessico Intellettuale Europeo e Storia delle Idee" del Consiglio Nazionale delle Ricerche; Mario Martelli (1925-2007) filologo e critico letterario; Marco Praloran (1955-2011), docente di Storia della lingua italiana presso l'Università di Losanna, membro del Direttivo della FEF. Più recentemente sono stati acquisiti i libri del filologo romanzo d'Arco Silvio Avalle (1920-2002) oltre ad una rilevante raccolta di estratti donati da Michel Zink, membro dell'Académie française, già docente di Letteratura francese medievale al Collège de France. Infine sono giunti in biblioteca i libri della nota dantista Anna Maria Chiavacci Leonardi (1927-2014).
Per quanto riguarda la SISMEL si ricordano i fondi librari di Zelina Zafarana (1939-1983), docente di Storia medievale; Agostino Paravicini Bagliani - attuale presidente della SISMEL - e Franco Cardini, entrambi ordinari di Storia medievale e noti saggisti; Baget Bozzo (1925-2009) sacerdote, teologo, saggista, editorialista; Ferruccio Bertini (1941-2012) ordinario di Letteratura latina. Nel 2017 è stata infine acquisita l'intera biblioteca di Claudio Leonardi (1926-2010), docente di Letteratura latina medievale, che della FEF e della SISMEL è stato fondatore.
Grazie ai contatti internazionali con istituti scientifici, editori e librai, ai numerosi scambi con le pubblicazioni della FEF e della SISMEL e agli omaggi per recensione in «Medioevo latino : bollettino bibliografico della cultura europea da Boezio a Erasmo (secoli VI-XV)», la Biblioteca è in grado di assicurare una notevole tempestività nell'aggiornamento delle raccolte.