Ezio Franceschini fu il primo cattedratico in Italia di Storia della letteratura latina medievale, ed era convinto che tra i compiti della nuova disciplina vi fosse principalmente l'edizione su fondamenti critici dei tanti testi inediti o male editi del millennio medievale latino. Sulla scia di questa memoria, e soprattutto per l'impegno appassionato di uno dei fondatori, Giovanni Orlandi, le ricerche della FEF nel settore mediolatino si sono presto orientate soprattutto agli studi di filologia testuale e di storia della tradizione manoscritta, finalizzati all'edizione dei testi letterari.

In particolare, nel 1990 due convegni aprirono altrettanti filoni di ricerca e iniziative editoriali. Dal convegno sugli autografi nel Medioevo ebbe origine la collana di studi «Autographa Medii Aevi», mentre dal convegno sulla critica del testo mediolatino prese vita la prima rivista dedicata alla «Filologia mediolatina», che esce annualmente dal 1994. Parallelamente la FEF cura una collana di edizioni con traduzione e commento, che accoglie nuovi testi critici e nuove presentazioni di opere canoniche o meno note del Medioevo latino: «Per Verba. Testi mediolatini con traduzione».

Sul piano della storia della tradizione manoscritta, la FEF ha avviato in collaborazione con la SISMEL una ricerca sistematica sulla trasmissione dei testi mediolatini: il progetto Te.Tra ha al suo attivo quattro volumi, mentre è in corso il riversamento dei dati su un database in linea.

Convegni e seminari di filologia si sono succeduti negli anni, fino alla formalizzazione, nel 2010, di un appuntamento fisso annuale intitolato «Prassi ecdotiche. Seminari filologici in memoria di Giovanni Orlandi».