La FEF è un ente privato, che autofinanzia le proprie attività in misura significativa tramite le risorse del proprio patrimonio, accresciuto nel tempo da alcuni lasciti e donazioni. Tuttavia una parte cospicua e via via crescente del bilancio è sostenuta dal cofinanziamento di enti pubblici e privati.

A partire dal 2012 le attività istituzionali della FEF sono inoltre supportate dal contributo previsto dalla legge 23 settembre 2011, n. 169 (Concessione di contributi per il finanziamento della ricerca sulla storia e sulla cultura del medioevo italiano ed europeo).

Questi i principali enti finanziatori nel corso degli anni: