Con l'acquisizione, nel 1996, dei libri e delle carte di Gianfranco Contini, la FEF ha allargato il proprio campo di interesse scientifico verso le letterature del Medioevo romanzo, in primo luogo quella italiana. Anche in questo settore, come in quello mediolatino, le ricerche promosse dalla FEF sono orientate principalmente agli studi di filologia testuale e di storia della tradizione manoscritta, finalizzati all'edizione dei testi letterari e alla loro interpretazione storiografica.

Un obiettivo di lungo periodo è la costituzione di repertori di testi e manoscritti, in forma di database, per la tradizione medievale italiana, carente di questi strumenti di base. Già negli anni '90 si sono avviati due progetti dedicati all'agiografia in italiano (BAI) e ai volgarizzamenti della Bibbia (BIBITA), mentre dal 2001 è in corso la repertoriazione della tradizione lirica, dalle origini a Petrarca (LIO): i tre repertori sono on line dal 2012. Un progetto più recente è quello dedicato alla tradizione del ciclo di Guiron le Courtois («Gruppo Guiron»), il grande romanzo francese, tuttora inedito, che ha ispirato la stagione cavalleresca di Boiardo e Ariosto, di cui si è allestita la prima edizione critica, in più volumi.

I risultati di queste ricerche sono accolti nella collana di testi e studi «Archivio Romanzo», avviata nel 2001 e aperta al mondo degli studi di filologia romanza. Una sottocollana ospita le pubblicazioni della Scuola di Dottorato europea in Filologia romanza dell'Università di Siena. La FEF collabora inoltre, per iniziativa di Marco Praloran, alla realizzazione della rivista «Stilistica e metrica italiana» e alla collana «Quaderni di Stilistica e metrica italiana».

Accanto a convegni e seminari sui temi di specifico interesse, dal 2008 la FEF organizza ad anni alterni un seminario di Filologia romanza in collaborazione con la rivista «Medioevo Romanzo».